Nội dung chính của Nghị định nhằm bảo đảm tính thống nhất về cơ chế, chính sách hiện hành có liên quan đến sản xuất, kinh doanh phân bón, phù hợp những biến động cũng như những thách thức trong quá trình CNH, HÐH nông nghiệp, nông thôn; đổi mới phương thức quản lý phân bón bằng hình thức phân nhóm sản phẩm, ban hành danh mục phân bón được phép sản xuất, kinh doanh và sử dụng ở Việt Nam để kiểm soát chặt chẽ, có hiệu quả hơn.